Er is een klein betekenisverschil.

 

in hoofdlijnen

grofweg, een ruwe schets (zonder 'bijlijnen')
Het boek Nederlands in hoofdlijnen is bedoeld voor anderstaligen.

 

op hoofdlijnen

op hoofdpunten (de 'bijlijnen' kunnen verschillen)
Er kwam alleen een regeerakkoord op hoofdlijnen.

 

De uitdrukkingen kunnen door elkaar worden gebruikt, maar er is verschil in 'blikrichting'. Bij in hoofdlijnen gaat het eerder om het weglaten van details. Bij op hoofdlijnen gaat het eerder om de basis of de kern; over details wordt dan niet gesproken. En natuurlijk kan op in worden wanneer dat voor de welluidendheid beter is: Deze plannen komen op hoofdlijnen op hetzelfde neer. Hier kan beter staan in hoofdlijnen. En een samenvatting in / op hoofdlijnen klinkt heel deskundig, maar is gewoon een pleonasme, net zoals witte sneeuw of ronde cirkel.